Program Studi S2 Ilmu Sejarah Fakultas Ilmu Budaya Universitas Gadjah Mada mulai diselenggarakan pada tahun 1980, sebagai bagian dari Lembaga Pendidikan Doktor Universitas Gadjah Mada. Sejak tahun 1983 sampai tahun 1991, menjadi bagian dari Fakultas Pascasarjana UGM. Mulai tahun 1991 kembali menjadi bagian dari Program Pascasarjana UGM dan berdasarkan Surat Keputusan No. 580/Dikti/Kep/1993 tanggal 29 September 1993, ditetapkan secara resmi sebagai Program Studi Sejarah dan Program Pascasarjana UGM. Pada tahun 2007, penyelenggaraannya dialihkan kepada Fakultas Ilmu Budaya UGM. Pada tahun 2015, dilakukan kembali reorganisasi kelembagaan di UGM berupa penghapusan Jurusan dan pembentukan Departemen serta fungsi-fungsi kelembagaan yang ada di tingkat Prodi, Jurusan, Fakultas, dan Universitas. Dari hasil reorganisasi ini, Program Studi S2 Ilmu Sejarah Fakultas Ilmu Budaya UGM berada di bawah Departemen Sejarah.

Menjadi lembaga pendidikan dan penelitian sejarah yang unggul bertaraf internasional berdasarkan pancasila

• Menjadikan sejarah sebagai ilmu yang memiliki kontribusi nyata dalam memahami berbagai persoalan masyarakat dan bangsa
• Mengembangkan tradisi keilmuan sejarah kritis yang mengikuti perkembangan mutakhir dalam teori dan metodologi sejarah
• Menyelenggarakan perkuliahan yang memanfaatkan perkembangan teknologi
• Menghasilkan lulusan yang memiliki kualitas keilmuan yang kuat dan moralitas yang tinggi.

Struktur perkuliahan Program Pascasarjana Ilmu Sejarah disusun sesuai dengan visi dan misi untuk mencapai tujuan penyelenggaraan program studi, terutama yang berkaitan dengan perkembangan Ilmu Sejarah dan kebutuhan mahasiswa. Setiap mata kuliah diampu oleh para dosen yang ahli dalam bidangnya. Mata kuliah dibagi menjadi dua, yaitu mata kuliah wajib dan mata kuliah pilihan. Setiap mahasiswa diwajibkan menyelesaikan minimal 44 SKS dan maksimal 50 SKS, yang terdiri dari teori dan tesis, untuk menyelesaikan pendidikan pascasarjana di Program Studi Sejarah.

Ada 9 mata kuliah wajib terdiri dari 28 SKS dan 7 mata kuliah pilihan minimal 27 SKS. Jumlah SKS pada tiap mata kuliah berbeda, ada yang 3 SKS dan ada yang 4 SKS. Khusus untuk Tesis berbobot 8 SKS. Mata kuliah wajib dibedakan menjadi dua, satu mata kuliah yang berkaitan langsung dengan ilmu sejarah seperti historiografi, teori dan metodologi, penelitian arsip, bahasa sumber, teori kebudayaan dan teori sosial, dan yang mencakup substansi faktual sejarah seperti Kapita Selekta Sejarah. Kedua, mata kuliah yang berasal dari ilmu lain yang sangat penting dan relevan bagi perluasan perspektif dan landasan teoritis konseptual.

Sejak semester pertama, setiap mahasiswa dapat mengambil mata kuliah pilihan yang sesuai dengan minat atau kepentingan untuk menulis tesis, termasuk mata kuliah yang ditawarkan oleh program studi lain baik di lingkungan maupun di luar FIB UGM. Jumlah minimal mata kuliah pilihan yang diambil adalah tiga mata kuliah atau 9 SKS. Mata kuliah pilihan juga boleh diambil dari prodi lain, di lingkup FIB seperti Antropologi, Arkeologi maupun Ilmu Sastra dan Linguistik.

Program Pascasarjana Ilmu Sejarah Departemen Sejarah FIB UGM setiap tahunnya menerima pendaftaran mahasiswa melalui jalur Reguler, Kerja Sama, maupun Internasional. Untuk lebih lengkapnya, bisa dicek di laman um.ugm.ac.id.

Selain persyaratan yang tertera dalam laman pendaftaran tersebut, Program Pascasarjana Ilmu Sejarah UGM juga mensyaratkan persyaratan tambahan berupa contoh tulisan akademik sejarah atau ringkasan skripsi yang telah dikerjakan bagi pendaftar yang mengambil jurusan sejarah pada program S1nya.