Departemen Sejarah FIB UGM sampai dengan 2015 yang lalu masih dikenal sebagai Jurusan Sejarah. Lembaga pengajaran tinggi sejarah ini mulai menjalani kegiatan akademik secara resmi sejak 23 Januari 1951, satu tahun lebih setelah UGM didirikan pada 19 Desember 1949. Pada periode awal ini, Sejarah merupakan satu kesatuan dengan kajian arkeologis yang pada waktu itu dikenal sebagai Sejarah Indonesia Kuno di bawah naungan Faculteit Sastra, Pedagogik dan Filsafat UGM. Sebelum pindah ke Bulaksumur, kegiatan perkuliahan berada di daerah Wijilan atau Yudonegaran dan kemudian pindah ke Karangmalang, yang sekarang menjadi bagian dari kampus Universitas Negeri Yogyakarta.

Departemen Sejarah yang dibentuk pada tahun 2015 merupakan bagian dari hasil reorganisasi kelembagaan di UGM berupa penghapusan Jurusan dan pembentukan Departemen serta fungsi-fungsi kelembagaan yang ada baik di tingkat Prodi, Departemen, Fakultas, maupun Universitas. Departemen ini menaungi Program Sarjana (S1) Sejarah dan Program Magister (S2) Sejarah.